保雲治療遵循的基本原理是，我們的身體具有天生的自癒能力，當這些機制被激活時，身體開始自我療癒。在透過激活的過程，身體同時恢復平衡與和諧狀態。保雲治療能夠同時激活許多身體機能，有別於其他針對個別機能的療法。涉及到的機能如下：
1.自主神經系統
保雲治療對自主神經系統（ANS）有顯著影響，從而調節自我康復的機制。在治療過程中，患者有機會入睡或進入深度放鬆狀態。通常，經過幾套動作後，我們能聽到腸部蠕動的聲音，意味著身體正處於副交感神經系統的調節中。
2.筋膜
保雲治療的動作是在筋膜表面進行，操作的筋膜位置一邊是筋膜，另一邊的神經、肌肉和筋腱。筋膜是一種薄而結實的結締組織，具有多種功能。它看起來像蜘蛛網，從頭到腳趾無間斷地延伸。筋膜在肌肉協調、身體姿勢以及身體的結構和功能完整性中具有重要作用。筋膜是連接人體中的所有結構重要組織。透過保雲治療，筋膜的阻塞及黏連被釋放，讓身體循環、人體姿勢及活動輻度也能大大提升及改善。
3.穴位和經絡
保雲治療的操作位置，有很多是沿著穴位進行，亦有機會經過十二經絡位置，從而打通身體機理，達致鬆弛、緩解疼痛、改善睡眠、改善消化及免疫系統。
4.神經淋巴點和淋巴循環
透過在神經淋巴位置進行操作，可以刺激淋巴引流。
5.內啡肽
內啡肽（endorphins)屬於神經肽，是一種在人體內形成的神經化學物質，能減輕疼痛並增強愉悅感和幸福感。它們位於大腦、於脊髓兩旁，也是保雲治療會操作的位置。接受治療者通常會在治療後的第二天報告自己精力充沛，健康狀況在一周餘下的時間內有所改善。
6.伸展反射
保雲治療會在肌肉的開端、末端及肌腹位置，這會改變神經系統接受的刺激，並可能改變疼痛或肌肉痙攣問題。
7.排毒
保雲開始操作的時間，身體也開始進行排毒，而且達致細胞層面的排毒功能。
相信身體有自癒能力，保雲治療能促進自癒進行，整體改善身體回復平衡狀態。
